王仙芝、黄巢曾经多次表示向朝廷投降，但是田今孜、卢携不允，认为心腹高骈有能力，要高骈剿匪树立战功，没想到黄巢军势如破竹，攻打长安，李儇与宰相痛哭，田令孜建议李儇去蜀避难，因他哥陈敬瑄是西川节度使。
李儇不愿受颠沛之苦，命田令孜为内外八镇及诸道兵马都指挥使去守潼关，而田令孜不去，只派张承范等率弓驾手两千八百人赴潼关。黄巢攻破潼关，直通长安。田令孜害怕皇帝怪罪，就把责任全推到卢携身上，卢携被逼服毒自杀。
黄巢先头部队进入长安，田令孜保护着李儇从金光门离开长安，只有四位王爷及嫔妃数人从行，百官全不知道，被黄巢全杀了，唐僖宗等逃到咸阳时，有十几个骑兵喊道：黄巢起义兵是为陛下除去奸臣，今天乘舆西去，关中的老百姓怎么办。田令孜命令羽林军骑兵将他们斩首，并让李儇骑上羽林军白马，昼夜不停地逃到成都。一到成都，田令孜就晋升为左金吾卫上将军兼判四卫事，并封晋国公。
唐僖宗看到成都狭陋，不如长安，闷闷不乐，经常与嫔侍赌博饮酒解闷。田令孜让仆从们高呼万岁，又说王铎、陈敬瑄等并力剿贼，一定能收复长安，结束逃亡，李儇才感到有些快乐。
逃到成都后，李儇、田令孜经常赏赐从长安来的从驾诸军，不赏蜀军，引起蜀军不满，军使郭琪对田令孜说：“诸将每月的俸禄丰赡有余，岂敢贪得无厌。只是蜀军与诸军同样宿卫朝廷，而蜀军的赏赐少得可怜，蜀军很有怨气，怕万一引起兵变，希望能减少诸将的赏赐而均给蜀军，使二者的待遇一样。 “
田令孜问：“你曾有何功劳？”
郭琪说：“我生长在山东，征戍边鄙，曾与党项打了十七仗，与契丹打了十几次仗，金创满身，征伐吐谷浑时受伤，肠子都流出来了，用线缝好后又去参战。“
田令孜换了一个杯子给郭琪酌酒。郭琪知道田令孜要毒死自己，只得拜谢饮之，回到军营解毒，吐出几升黑汁，遂率其部叛乱，焚烧并始掠商店，田令孜保护李儇逃到东城，陈敬瑄出兵平息了叛乱，郭琪逃亡。
李儇日夜与宦官在一起，议论如何收复长安等国家大事，对待朝官特别疏薄。官员孟昭图劝谏：“宦官未必都是可以信赖的，朝臣未必全都无用。去年冬天，车驾西幸，没有告诉朝官，结果宰相仆射以下的官员多被黄巢杀了，今天能到这里的朝宫，都是冒着生命危金，经过崎岖跋涉，千里迢迢来供奉陛下驱使的，陛下与朝官应该同休戚共患难才是。”田令孜矫诏贬孟昭图为嘉州司户，路上派人将孟昭图淹死。
黄巢占领长安期间，宦官曹知态组织了一支武装，据守在城外上峨山，经常潜入长安骚扰。听说唐僖宗要回长安，就对人说：“我潜入长安骚扰，诸军才能有克复长安的大功，对于从驾群臣，凡是我认为可以的，才能够通过大散关。”田令孜对此特别嫉恨，密令节度使王行瑜将曹知态除去。
“种种恶行，大唐官员们却是敢怒不敢言。这样的田令孜，这样的李儇，你觉得大唐还有希望吗？”我对卫霆说，他沉思片刻说：“我懂你的意思了，我们今晚就走。”
